V téměř každém větším městě u nás najdeme botanickou zahradu nebo arboretum. Jenom Unie botanických zahrad jako své členy eviduje 40 subjektů, mezi nimiž jsou jak městské, tak soukromé zahrady. Speciální kategorii mezi nimi tvoří univerzitní botanické zahrady, kterých je u nás celkem devět. Přestože tyto zahrady slouží především výuce a výzkumu na svých domovských univerzitách, v posledních letech se začínají více přibližovat veřejnosti.